Breña fue territorio Inca

  Breña perteneció a la Cultura Ychma

En tiempos prehispánicos esta zona habría sido parte del gran curacazgo o señorío de Ichma (Lima), con centro en Pachacámac, como casi todo el territorio y que se extendía del río y valle de Lurín al río y valle del Rímac.
Los pequeños curacazgos estaban formados en torno del cauce de canales de irrigación que permitían tener amplias zonas agrícolas para mantener a los pobladores. Uno de estos era la acequia o río de la Magdalena, que tenía su origen en el río Rímac, en una bocatoma ubicada detrás del actual Palacio de Gobierno y se dirigía de norte a sur atravesando el actual distrito de Breña (por los jirones Aguarico y Loreto, hacia la avenida del Río de Pueblo Libre).

En el área norte de la primera delimitación distrital, se encontraba la huaca o complejo de Makatampu (Macatambo), construcciones del Intermedio Temprano asociadas a la cultura Lima o Maranga (0-600 d. C.) de barro y canto rodado, con entierros posteriores e intrusivos correspondientes al Intermedio Tardío (900-1470 d. C.). 

La ubicación era la antigua hacienda del Conde de las Torres, hacia el norte de la cuadra 27 de la avenida Argentina, esta huaca desapareció por expansión urbana entre los años 1940 y 1948.
Al sur de la primera delimitación distrital está el complejo arqueológico Mateo Salado o Huaca de Azcona, considerada la sede administrativa del valle del Rímac.
Está constituido por cinco montículos piramidales construidos sobre grandes tapiales y su extensión es de unas 18 hectáreas. 

Se considera que es del Intermedio Tardío (1000-1470 d. C.) y del Horizonte Tardío (1470-1532 d. C.).
Antiguamente se hallaba conectado mediante un estrecho camino amurallado con el grupo arqueológico de Maranga.
Hay referencias de la existencia de una pequeña huaca (panteoncito) hacia la cuadra tercera de la avenida Brasil.